Οι αρμοδιότητες του Τμήματος Πρόληψης και Αντιμετώπισης Περιστατικών Ρύπανσης και Εφαρμογής Σχεδιασμού Έκτακτης Ανάγκης είναι οι ακόλουθες:
α) Η εκπόνηση και εφαρμογή εθνικού σχεδίου έκτακτης ανάγκης για την πρόληψη και την καταπολέμηση των περιστατικών ρύπανσης της θάλασσας και των ακτών, ο συντονισμός του έργου των Λιμενικών Αρχών και των συναρμόδιων Αρχών και Υπηρεσιών, καθώς και η ανάληψη του επιχειρησιακού ελέγχου σε σοβαρά περιστατικά ρύπανσης.
β) Η μέριμνα για την εκπόνηση των τοπικών σχεδίων έκτακτης ανάγκης για την πρόληψη και καταπολέμηση ρύπανσης της θάλασσας και των ακτών και ο έλεγχος της εφαρμογής τους, με σκοπό την οργάνωση και τον συντονισμό των δράσεων και των ενεργειών που απαιτούνται, όσον αφορά στο έμψυχο δυναμικό και στον κατάλληλο υλικοτεχνικό εξοπλισμό για την αντιμετώπιση περιστατικών ρύπανσης της θάλασσας και των ακτών.
γ) H παρακολούθηση των διεθνών εξελίξεων σε θέματα πρόληψης και καταπολέμησης της ρύπανσης του θαλάσσιου περιβάλλοντος και η εισήγηση εφαρμογής ανάλογων μεθόδων στην Ελλάδα καθώς και η παροχή τυχόν συνδρομής ως προς την αντιμετώπιση σοβαρών περιστατικών ρύπανσης με διεθνή χαρακτήρα.
δ) Η αξιολόγηση της δραστηριότητας των Λιμενικών Αρχών και των Περιφερειακών Σταθμών Καταπολέμησης της Ρύπανσης στον τομέα των επιθεωρήσεων των υπόχρεων πλοίων και εγκαταστάσεων και ο έλεγχος της ορθής εφαρμογής της ισχύουσας νομοθεσίας και σχεδίασης.
ε) Η μέριμνα για τη βελτίωση της οργάνωσης των Περιφερειακών Σταθμών Καταπολέμησης Ρύπανσης και η συνεργασία με αρμόδιες Υπηρεσίες, Αρχές και Φορείς της ημεδαπής και αλλοδαπής.
στ) Η μέριμνα για την έκδοση των αποφάσεων επιβολής διοικητικών κυρώσεων, σύμφωνα με την ισχύουσα νομοθεσία, από τον Υπουργό Προστασίας του Πολίτη κατά των υπαιτίων ρύπανσης της θάλασσας.
ζ) Η αναζήτηση των υπαίτιων πλοίων για ρύπανση της θάλασσας και των ακτών στους χώρους ευθύνης ΛΣ−ΕΛ.ΑΚΤ., καθώς και η διερεύνηση των καταγγελιών ξένων χωρών για παραβάσεις ελληνικών πλοίων, για την επιβολή των προβλεπόμενων κυρώσεων.
η) Η μέριμνα για την προσαρμογή της Εθνικής Νομοθεσίας ως προς τις αποφάσεις των αρμοδίων Διεθνών Οργάνων σε θέματα πρόληψης και αντιμετώπισης ρύπανσης της θάλασσας και η σύνταξη και έκδοση οδηγιών/εγκυκλίων προς τις Λιμενικές Αρχές για την εφαρμογή τους.